Учениците повишават мотивацията си за качествено образование, конкурентноспособност и професионално развитие в 3 основни клуба в научната сфера.
Клуб Математик, Клуб Европейски уроци и Клуб Гражданско общество и национална идентичност.
Целта на академията е учениците да се приучат към отстояване на гражданска позиция, грамотност за човешките и конституционни права, форми на участие в гражданското общество, информационна грамотност за ЕС и гражданското общество.
Академията обхваща 3 клуба - Клуб Математик, Клуб Европейски уроци и, Клуб Гражданско общество и национална идентичност.
Целта на клуба е развитие на интереса към математиката и логическото мислене. Организират се вътрешноучилищни състезания и състезания с гимназия „Яне Сандански”. Работа в екип, бърза и точна ориентация, подреденост; участие в олимпиади, състезания и турнири и възможности за постигане на по-високи резултати. През пролетната ваканция учениците от клуба организират зелена академия.
Клуба обогатява знанията на учениците по въпросите, свързани с ЕС, европейската култура и интеграцията на страната ни. Провеждат се симулации за работата на европейските институции и структури. Учениците се запознават и овладяват инструментариума на ЕС за нормите на поведение в гражданското общество, както и с ролята на съюза в ежедневието на гражданите му и с основните задачи, които общността цели да постигне. Организира кръгла маса по случай деня на Европа 9 май, съвместно с партньорите Сдружение „Експертна подкрепа”.
Клуба организира ученическа конференция, посветена на патронния празник на училището през месец април 2010 г. Организират се и две кръгли маси по проблемите на гражданското общество. Лекции и дискусии на теми: измерение на гражданството, гражданска позиция, правата на човека, културна и национална идентичност, социална интеграция, формиране на умения за участие в дебат и излагане на аргументирана позиция - на това се приучават учениците от Втора Английска Езикова Гимназия "Томас Джеферсън".